Historia - kamienie milowe
1991 - 1997 - amerykańska Fundacja The German Marshall Fund of the US, przy wsparciu i współpracy z Charles Stewart Mott Foundation, Rockefeller Brothers Fund oraz the Trust for Mutual Understanding, realizuje program wspierania organizacji ekologicznych „Environmental Partnership for Central Europe” (EPCE), którego później Fundacja Partnerstwo dla Środowiska będzie kontynuatorem. Program EPCE odegrał ważną rolę w rozwoju ekologicznych organizacji pozarządowych w pierwszej połowie lat dziewięćdziesiątych w Polsce i innych krajach Europy Środkowej. Wiele pozarządowych organizacji ekologicznych aktywnych dzisiaj w kraju otrzymało ważny impuls do rozwoju właśnie ze strony EPCE w latach dziewięćdziesiątych. Przykłady to: Klub Gaja, Stowarzyszenie ProNatura, Instytut na rzecz Ekorozwoju i Fundacja Ekologiczna „Zielona Akcja”.
1997 - ustanowienie Fundacji Partnerstwo dla Środowiska jako organizacji non-profit, która kontynuuje program wspierania organizacji ekologicznych EPCE w Polsce w celu „propagowania i realizowania działań na rzecz ochrony środowiska oraz wspierania takich działań podejmowanych przez organizacje o celach niezarobkowych i społeczności lokalne, będących elementem wspierania demokratycznego modelu rozwoju kraju.” Jako samorządna organizacja Fundacja nadal działała w Polsce jako część Środkowoeuropejskiego Konsorcjum Environmental Partnership for Central Europe (EPCE), składającego się z czterech niezależnych fundacji wspierających projekty ekologiczne przy zaangażowaniu społeczności lokalnych, w Polsce, Republice Czeskiej, Słowacji i na Węgrzech.
1998 – początki kształtowania się metody i filozofii działań Fundacji, którą jest Partnerstwo. Fundacja działa głównie jako organizacja grantodawcza wspierając organizacje pozarządowe w działaniach ekologicznych na szczeblu lokalnym. W tym roku uruchomiona została polsko-słowacko-węgierska inicjatywa – Szlak Bursztynowy Greenway, rozpoczyna się także współpraca z firmą BP Polska, która do dziś wspiera, uruchomiony w tym samym roku, Program Czysty Biznes propagujący proekologiczne działania firm (zwłaszcza MSP), aby zwiększyć ich konkurencyjność. Szczególną rolę w stworzeniu Programu Czysty Biznes miała brytyjska organizacja ekologiczna Groundwork, to właśnie dzięki jej know-how powstał Program. Z ciekawostek – w tym roku Fundacja po raz pierwszy organizuje święto ulicy Brackiej - Dzień Ziemi, który odbywa się co roku na Placu Wolnica, potem w Nowej Hucie.
1999 – powołano Centrum Informacji Ekologicznej, które do dnia dzisiejszego świadczy, współpracującym z Fundacją organizacjom, instytucjom oraz firmom, wsparcie w postaci doradztwa w zakresie szeroko pojętej ochrony środowiska. W tym roku też odbyło się I Doroczne Spotkanie Klubów Czystego Biznesu w Tarnowie, w którym wzięły udział firmy (głównie MSP) uczestniczące w Programie Czysty Biznes.
2000 – Fundacja wprowadziła formułę Grupy Partnerskiej jako najważniejszej metody swojej pracy, która dała początek realizowanemu do dnia dzisiejszego Programowi Grupy Partnerskie, poprzez który wspieramy współpracę między sektorem publicznym, gospodarczym i społecznym. Od tego roku Fundacja realizuje też inne ze swoich sztandarowych programów: Szkoły dla Ekorozwoju, w ramach którego współpracujemy ze szkołami działającymi na rzecz ekorozwoju oraz Ekomuzea, którego celem jest angażowanie mieszkańców do odkrywania i prezentacji swojego regionu. Rok 2000 przyniósł także zmiany w ramach działań międzynarodowych - Rumunia weszła w skład konsorcjum Environmental Partnership for Central Europe, w ramach którego powstał program Central and Eastern European Greenways (CEG), czyli rozwijanych do dziś, także przez Fundację w Polsce, Zielonych Szlaków Greenways, poprzez które wspieramy rozwój turystyki przyjaznej dla środowiska opartej na dziedzictwie przyrodniczym i kulturowym.
2001 – w Warszawie odbył się I Zjazd Szkół dla Ekorozwoju.
2002 – Fundacja dołącza jako członek do Europejskiego Stowarzyszenia Greenways – (European Greenways Association – EGWA), które skupia dziś 35 członków - narodowych organizacji i instytucji zajmujących się tworzeniem i promocją greenways w Europie.
2003 - Rada Fundacji postanowiła, że Fundacja zrezygnuje z działalności gospodarczej, przenosząc ją w pełni do spółki Iso-Tech, która pozostaje nadal w 100% własnością Fundacji, a specjalizuje się we wdrażaniu Systemów Zarządzania w przedsiębiorstwach oraz audytach środowiskowych. Dotychczasową funkcję dotacyjną Fundacji przejmuje nowo ustanowiony podmiot prawny – Fundusz Partnerstwa – który kontynuuje i rozwija działalność dotacyjną Fundacji. Także w roku 2003 działania Fundacji zostały dostrzeżone i docenione przez kapitułę Konkursu Pro Publico Bono, w którym nagradzane są co roku najlepsze inicjatywy obywatelskie. Fundacja została wyróżniona „za zasługi dla budowy społeczeństwa obywatelskiego poprzez programy ochrony środowiska naturalnego”.
2004 – od tego roku, firmy Czystego Biznesu mają dostęp do doradztwa, informacji, szkoleń oraz możliwość monitorowania swojego oddziaływania na środowisko poprzez narzędzie internetowe Menadżer Środowiska. Do
